如何模拟化合物二级碎片

模拟二级碎片操作

质谱分析时如何确定断裂键的位置等需要用到模拟，如何操作

1.      用IDA模式打开谱图

3.      在左侧table中选中化合物的精确分子量（可以手动计算或者点击show,里面有分子量计算，注意为exact mass 不是average mass ，尽量选择评分高，强度高的值），二级谱图显示在右侧；

4.      拖拉二级谱图使其显示清楚（左键点中x轴下方拖拽即可）；

5.      点击file，open molfile,导入做好的mol文件（如何制作mol文件请看之后的视频），

6.如图所示，出现第三个pane,显示化合物的mol文件；

7.      点击show-fragments pane，出现第四个pane，

8.      拖拽左下角的图与右上角的二级关联，拖拽右下角的pane与左下角的结构关联

9.   点击右下角的上方第一个图标，查找碎片，如下图所示：

fragment为所有碎片，peaks为匹配上的，选中右侧的碎片可以看到左侧高亮显示的部分为断裂的部分。

视频教程可以点击阅读全文进入B站浏览，或者进入公众号观看，软件下载请后台输入软件名。

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